Et le popup que tu dois voir doit venir uniquement de Near Future Technologies qui possède la dépendance KSPAPIExtensions et qui est souvent la cause de ce genre de popup étant donné qu'il utilise le VersionChecker (un DRM dans un mod on aura tout vu) et comme Near Future n'a pas encore été mis à jour pour 1.0.4 (puisqu'il doit encore fonctionner parfaitement) tu auras le popup à chaque coups. En faite ça ne veux vraiment pas dire que c'est incompatible, juste que le plugin a été compilé pour une ancienne version de KSP et dans 99% des cas ça fonctionnera encore.
Pour l'installation ne mets jamais rien en dehors du dossier GameData :p (il y a très peu de mods à l'heure actuelle qui nécessitent de mettre quelque chose en dehors de ce dossier, si tu veux installer les extras, lis les détails d''installation dans les readme ou sur les topics officiels, je n'ai regardé que deux des packs en question et ils devaient tous aller dans GameData :p).
Pour des modules de vie de station regardes les mods similaires à Stockalike Station Parts Expansion et je te conseil Habitat Pack

Pour ceux qui veulent mettre à jour KSPAPI à la main :
- télécharger le dll par ici : DLL / Topic officiel
- et remplacer tous les dll de KSPAPI que vos mods utilisent ...